食品科技学院渊源于1921年成立的东南大学农产制造门和1927年创办的中央大学农产制造门、食品工业系,1952年全国院系大调整,部分师资并入南京农学院农学系和园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系,1996年成立食品科技学院。
学院拥有博士学位食品科学与工程一级学科授予权,1个博士后流动站,1个国家重点(培育)学科,1个江苏省一级学科重点学科,1个江苏省优势学科,1个江苏省二级学科重点学科,4个博士点,4个硕士点。拥有1个国家工程技术中心、1个中美联合研究中心,1个江苏省协同创新中心,1个农业部重点开放实验室,1个农业部农产品风险评估实验室,1个农业部检测中心,1个教育部重点开放实验室,1个江苏省工程技术中心,8个校级研究室。拥有1个省级实验教学示范中心,2个院级教学实验中心(包括8个基础实验室和3个食品加工中试工厂)。学院下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个系,下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全3个本科专业,其中食品科学与工程为国家级特色专业,入选国家卓越农林人才培养计划、江苏省重点专业,生物工程、食品质量与安全为省级特色专业。目前在校本科生750多人,研究生400余人。
“十二五”以来,学院先后承担和完成国家自然科学资金、国家“863”、国家“十二五”支撑项目、部省级课题及横向课题研究150余项;荣获国家和部省级科技进步奖20多项,获国家专利100多项,在国际学术刊物上发表论文600余篇(其中500余篇被SCI、EI等收录和引用),国内学术刊物上发表论文1000余篇,出版专著10余部,教材20余部。国家一级学会----中国畜产品加工研究会挂靠在本校。学院注重科研成果的开发与转化,先后在北京、江苏、浙江、山东、安徽、江西、甘肃等地开展产学研合作,取得了显著的社会效益和经济效益。
学院注重拓展海内外科技合作关系,曾多次承办国内外大型学术会议,接待美国、日本、加拿大、荷兰、澳大利亚、韩国等专家教授前来讲学,与法国里尔科技大学、法国巴黎高科、俄罗斯圣彼得堡工程大学建立交换留学生关系。除学校所设的各类奖学金外,一批在食品行业有影响的公司也在学院设立了ADM、新希望六和、桂花鸭、诺维赞、汇湘轩、苏食等奖学金和奖教金。