生物工程专业是我系第一个本科专业，2002年正式招生；生物工程专业2005年被确定为校级重点建设专业，2006年被确定为湖南省“十一五”重点建设专业，2008年被确定为湖南省高校特色专业，2012年被确定为湖南省高校“十二五”综合改革试点专业。该专业围绕生物工程专业人才培养目标，以创新人才培养模式为核心，以优化课程体系为关键，以强化实践教学环节为重点，以高水平师资队伍建设为保障，以地方生物资源和产业发展为依托，培养专业知识扎实、工程实践能力突出、具有良好创新思维能力的高素质应用型人才，同时为研究生教育输送优秀生源，为地方经济建设培养生物类技术人才。
该专业现有专业教师23人，其中教授10人、副教授8人；博士8人、硕士11人，拥有省级青年骨干教师6人、校级青年骨干教师8人、省级学科带头人1人。该专业具有优良的办学条件，拥有近6000平方米的教学、科研实验室，和啤酒生产线、代谢调控室、乳制品发酵生产线、动物细胞培养室、植物组织培养室、生物分离室等校内实训室，以及一批校外专业实验、见习基地，教学、科研仪器设备总价值800余万元。该专业建成微生物学、遗传学、生物化学、细胞生物学、发酵工程等5门校级精品课程；同时拥有遗传学、生物化学与分子生物学等2个校级重点学科。
生物工程专业以当前生命科学与技术国际发展前沿和适应市场经济需要为基准，以发酵工程技术为重点，拓展细胞工程、基因工程、蛋白质酶工程及生物产品提取纯化技术。近年来，强化学生工程素质培养，突出产学研结合，建立了湖南省工程技术研究中心(与湖南正清制药集团、中南大学合作建立的“湖南省中药谱效工程技术研究中心”)、湖南省高校产学研合作示范基地，完成了校企合作项目4个，获省科技进步二等奖2项、三等奖1项；获国家授权专利4项，转化2项，直接经济效益上千万元。
该专业主要课程有微生物学、生物化学、分子生物学、细胞生物学、遗传学、化工原理、物理化学、工程制图、细胞工程、基因工程、发酵工程、酶工程、氨基酸工艺学、发酵食品工艺学、生物分离工程、生物工程设备、生物工程工厂设计、酿酒工艺学、有机酸工艺学等；实践教学环节包括课程实验教学、课程见习、课程设计、专业技能达标训练、科技创新活动、生产实习、专业实习、毕业论文（设计）等。
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