本院具有集自然科学、社会科学和工程技术为一体的综合性学科群，下设地理科学系、地质科学系、环境科学与环境工程系和水文与水资源工程系4个学系，拥有博士后科研流动站2个（地理学、地质学）；国家级重点学科、一级学科博士点1个（地理学）；甘肃省重点学科3个（地理学、地质学、环境科学）；二级学科博士点8个（自然地理学、人文地理学、地球系统科学、生物地理学、遥感与地理信息系统、第四纪地质学、古生物与地层学和环境科学）；14个硕士点（自然地理学、人文地理学、地球系统科学、生物地理学、地图学与地理信息系统、城市与区域规划、矿物学岩石学矿床学、地球化学、古生物学与地层学、构造地质学、第四纪地质学、水文学及水资源、环境科学、环境工程）；8个本科专业（地理科学、资源环境与城乡规划管理、地理信息系统、地质学、地球化学、环境科学、环境工程、水文与水资源工程）；教育部重点实验室1个（西部环境），国家级创新群体1个（西部环境变化），国家级理科人才培养基地1个（地理科学）。
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