兰州大学药学院创建于1959年，初建为药学系，2002年正式成立为药学院，自创立至今已有44年历史。44年以来，药学院经历了时代的巨变和风雨的锻炼，今天，药学院已逐步形成办学指导思想明确、办学思路清晰、办学定位准确、特色较为鲜明的，为甘肃省培养研究生、本科生、专科生、各类成人教育及继续教育等多层次的药学专业人才基地。
药学院下设8个教研室，分别是：药物化学教研室、药理学教研室、生药与药用植物学教研室、药物分析学教研室、药剂学教研室、药事管理学教研室、分析化学与物理化学教研室及天然药物化学教研室；有1个药学基础实验室，2个专业实验室：中药制剂实验室、中药生药鉴定实验室，另设有一个中草药研究所。
药学院与甘肃省较大规模的兰州大学第一附属医院、兰州大学第二附属医院、甘肃省人民医院、三爱堂医院、兰州空军总医院、铁路中心医院、兰州陆军总院等机构建立了长期的教学协作关系，拥有相对稳定的药学见习与实习基地。
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